本片以海洋作为故事背景，融合动作、探险、学龄前海洋生物科学课程以及团队协作等内容，加入了具有中国文化元素的动物形象，通过拟人化手法，与片中原有海底小纵队的成员们一起作为核心角色，演绎一系列全新的、具有东方文明色彩的动画故事。每集故事都建立在一次探险的基础之上，海底小纵队的小英雄们在克服险境探索海洋奥妙的同时发现未知生物，向全世界的小朋友介绍有关这些动物知识和海洋知识，并让他们学会团队合作与协助。
海底小纵队队员们尽管性格迥异，但在工作和生活中相互关心、相互帮助，在困难面前勇敢拼搏、团结一心，充分发挥每一成员的特长和智慧。他们完成了一个又一个艰难而又有趣的援救任务，每一次任务完成后，他们都会把归纳出来的海底报告编成歌曲，把每集内相关的科学知识点用优美动听的歌曲唱给小朋友们听。
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