故事起源于在南极洲发现了一种叫星际之门的东西，通过它，可以前往位于天马座的远古人类建造的亚特兰蒂斯。一支由科学家、医生以及军人组成的探险队为了探索亚特兰蒂斯的奥秘勇敢的踏上了征程。
他们中有颇有几分领导人特色的女队长韦尔博士，足智多谋的军方领导人谢帕德少校，以及福特中尉，喋喋不休的主管技术的罗德尼 泽兰卡，还有医生卡森以及到达天马系后加入的性感并且骁勇善战的女战士泰勒。
在亚特兰蒂斯，他们经历了一系列神秘的事件，遇上了各色各样的不同星球上的人类，他们也面临着这个星系中一种叫做幽灵的怪物的威胁。幽灵不仅仅性情暴戾，以人为食，而且拥有先进的武器和技术，数量众多。第一季就在幽灵族对亚特兰蒂斯强烈的攻击中带着悬念结束。
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