自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
因为目睹了一场谋杀案，瑞秋（凯莉·麦吉利斯 Kelly McGillis 饰）和儿子山姆（卢卡斯·哈斯 Lukas Haas 饰）的平静生活被彻底打破。接到报案的约翰警长（哈里森·福特 Harrison Ford 饰）匆匆赶来，没想到被指认的凶手不是别人，正是同为警探的迈克菲（丹尼·格洛弗 Danny Glover 饰）。约翰将这一消息报告给了上司保罗（约瑟夫·索默 Josef Sommer 饰），没想到保罗和迈克菲之间有着邪恶而非法的关联。得知真相的约翰遭到了迈克菲的诛杀，身受重伤的他被瑞秋带到了阿门部
