自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
公仔杀人事件经媒体报道后，引发制作“楚其”的玩具公司对市场前景的担忧，玩具公司将楚其的残骸收回并加以修复，试图向股东证明杀人玩具不过是谣言一场，然而在修复完成时，楚其随即复活，它引发混乱，并最终逃脱。另一方面，安迪（艾力克斯·文森特 Alex Vincent 饰）和母亲分别接受心理治疗，一对好心夫妇暂时照顾安迪。根据灵魂转移的符咒要求，楚其如果要避免与公仔一同人格化的命运，就必须寄宿到第一个知晓它秘密的人——也就是安迪身上，楚其剩下的时间已经不多，它再度找到安迪准备侵占其身体。安迪为了躲避找上门的楚其，用
秘密特工伊森（汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰）隐藏了真实身份，准备和女友安心生活。这时，他突然接到了上级的电话。超市接头时，同僚向他传达了新的任务命令。任务中，他和黑人老搭档以及两位女将林赛（凯丽•拉塞尔 Keri Russell 饰）和珍（李美琪Maggie Q 饰）并肩作战，在攻入某大厦寻找一个名叫“兔子腿”的证物时，不幸中了埋伏，结果林赛当场阵亡。因为被控失职，汤姆身心背负了巨大的痛苦，在跟上司闹翻之后，他执着地追查着这起事故的起因，却在死者遗留的秘密视频中发现了一个惊天大秘密。为了给死者报
