在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆

若葉鎮的健太培育神奇寶貝與人對戰和神奇寶貝一起變強，在這個世界是極為普通的男孩子。他與伙伴火暴獸們一同旅行。有一天，在他落腳的神奇寶貝中心，偶然與青梅竹馬的瑪莉娜再度見面。想彼此確認對方現在的實力，兩人展開了神奇寶貝對戰，但突然間足以震動大地的驚人雷聲轟下，天空佈滿了雷雲，閃電也打了下來…

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