TRY Fighters作为测试驾驶员，受邀前往位于南方岛屿的尼尔森实验室，为矢岛企业测试新型对战系统。可是新系统出现了问题，结果要在住宿设施待命…当世海他们兴高采烈地待在有如度假村的住宿设施之时，出现在他们面前的是同样作为测试驾驶员而受到邀请的西亚、凑和强子三人。而等待着在南方岛屿再会的劲敌的，却是充满谜团的怪异事件…这会是TRY Fighters的最大危机！

故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为