2010年，卓凯神秘前往泰国曼谷，与潜伏在当地的香港CIB卧底进行打击泰国毒枭的行动。就在众人完成任务即将撤离泰国之时，一场爆炸令卓凯手下卧底全部葬身火海。与此同时，卓凯好友兼CIB督察黎瑞权原因不明地被杀害，留下一个还未正式成为卧底的女警郑淑梅由卓凯接手指导。卓凯知道瑞权手下还有其他身份被删除的卧底，要还原瑞权之死的真相，必须将卧底全部找出来，卓凯与淑梅开始寻找卧底的工作。另一方面，“长兴”坐馆魏德信打算重建帮会，对字头里的叔父辈赶尽杀绝，覃欢喜虽逃过一劫，爱妻却死在他怀抱中。事后欢喜潜入警署，删除自己

高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉饰）和邵志朗（古天乐饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是

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薛家强完成三年卧底任务後，回港开设沐足店，继续收集情报。刑事情报科总督察章纪孜怀疑卓凯出狱後投入黑道，对他进行全面监视。家强与卓凯卷入器官贩卖案，联同女卧底窦亚希及保安局调查官韦作荣，合力捣破涉案集团。保安局及後新设安全情报机构，并邀得徐天堂加入，接管刑事情报科的工作。覃欢喜逃过一死後，暗中调查某社团的秘密。神秘社团原来由长兴已故龙头魏德信的弟弟魏德礼创立，他还设下布局，对家强、卓凯等展开报复。