A.D.1999，由坠落地球的“谜之战舰”(之后被称之为Macross)带来的Over Technology(オーバーテクノロジー)，揭示了人类历史和远古文明 Proto Culture (プロトカルチャー)之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力 Zentraedi(ゼントラーディ)和Proto Deviln(プロトデビルン)，用“文化的力量”寻找生存之道，一方面向着银河系进行移民而寻求新天地。最初的Macross，被看作改变了地球宇宙历史的“命运之船”！BigWest(ビッ

在與傑特拉帝人（ゼントラーディ）的戰爭結束80年之後，地球即將遭到新的外星人馬爾杜克（マルドゥーク）（Marduk）侵襲；地球統合軍依照以往的成功模式，採用「林明美攻擊」試圖擊退對方，卻驚訝的發現馬爾杜克軍也是利用歌聲驅使戰鬥部隊，且威力更勝過「林明美攻擊」，地球遭遇到前所未有的危機。電視記者神崎響在戰鬥中冒險深入戰線報導，親眼目睹地球統和軍節節敗退，因緣際會闖入了敵艦並解救了一位昏迷的女性伊絲蒂。