20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也&

宇宙中的螺旋星系有颗美丽的星球——纳斯星球，星球上有一种神奇的果实，一直保护着整个纳斯星的生态平衡。 星球上的阿吉亚部落世世代代都守护着神之树，可是纳斯星上突然潜入了许多宇宙海盗，恰巧赛尔号上的先锋小队成员赛小息，阿铁打，卡璐璐途经此地，他们立刻加入了这场战斗…随着战况升级，四位神奇精灵：电系王者雷伊，暗影之王布莱克，武斗勇士盖亚，绝地武士卡修斯也加入了进来……

承接上一季，盖亚、麦克斯和伊泽贝尔三人在洞穴里发现了和麦克斯长得一模一样的琼斯，并得知麦克斯是琼斯的克隆体。麦克斯的心脏在不断衰竭，他已时日无多。琼斯表现出想要拯救麦克斯的意愿，但盖林和伊泽贝尔并不相信他，认为他背后还有不可告人的计划。丽兹从洛杉矶回到罗斯威尔与麦克斯见面，她想要和他冰释前嫌，但被拒绝。麦克斯为了能够康复，而去见了琼斯，导致其逃出牢笼。身为独裁者的琼斯想要找到一个能够断开自己与麦克斯联系的方程式，因为他们之中的任何一人死亡都会导致二人一起死亡，他并不想让麦克斯成为自己的软肋。他用意识控制了

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。