阳光突然强烈，气温急剧升高，新宿陷入异常的热浪中。诡异的黑人姆卡拉出现，其巨大的破坏力竟为五人所不能敌，而且，他竟拥有与辽的白色盔甲相同的黑色辉煌帝。五人欲以白色盔甲应对，但伸因仿佛感觉到了什么而犹豫，导致辽和征士被黑色盔甲带走。辽、征士的不知所踪，伸与秀、当麻打架而出走、迷失，一直以来同生死共患难的他们，遇到了前所未有的危机。在非洲原始部落神秘美丽的土地上，他们第一次发现了被人类当做保护神数千年的的盔甲的真实面目，并以最纯洁高尚的心，粉碎了全部的盔甲。

向辉煌帝燃起憎恶之火的怨灵少女、铃系的出现、将原本应该已经完成了铠战士使命的Samurai Trooper们推向绝望的深渊。他们拼上性命战斗的意义是什么？铠甲究竟是什么？被铃系提出的问题玩弄、回首曾经的战斗迷惘苦恼的五人、从当麻开始、一个又一个地被因凉凪的怨念所生出的新铠甲封印。

最后的时刻即将来临！距离弑神之箭刺穿雅典娜的心脏只剩下五个小时了。唯一能够拯救雅典娜的人，就是坐在圣殿顶端的教皇。不过，星矢和四位青铜圣斗士们要想到达教皇厅，就必须突破黄金圣斗士守护的十二宫。距离抵达教皇厅前还有五座宫殿。星矢和他的朋友们能否击败阻挡他们的强敌，到达隐藏着令人震惊的真相的教皇厅？

充满激烈攻防的高达模型对战全美锦标赛决赛正在如火如荼地展开，某一位斗士的身影出现在了那里。几个月后，正在彩渡商店街组装新高达模型的五月野美纱露出了比平时更加不悦的表情。美纱似乎是为了平息无处发泄的怒火，把完成的高达模型安装进对战模拟机打算开始对战，而高达模型却突然遭到束缚。就在盛大活动GB狂欢节即将到来之时，高达模型斗士们的命运突然风云变色。